پژوهش‌های جدید در زمینه میکروبیوم روده، تأثیر داروهای ضدافسردگی، فشار خون بالا، رفلاکس اسید و داروهای دیگر را مشخص می‌سازد. آنتی‌بیوتیک‌ها به طور گسترده‌ای به دلیل ایجاد اختلال در سلامت روده با از بین بردن باکتری‌های «خوب» و «بد» در دستگاه گوارش شناخته شده‌اند. اکنون دانشمندان در حال بررسی این موضوع هستند که آیا سایر داروهای رایج می‌توانند در تریلیون‌ها میکروبی که میکروبیوم روده را تشکیل می‌دهند، تداخل ایجاد کنند یا خیر؛ این تداخل می‌تواند منجر به تغییراتی شود که مدت‌ها پس از قطع مصرف دارو باقی می‌مانند. دکتر مارتین جی.

بلاسِر، مدیر مرکز بیوتکنولوژی و پزشکی پیشرفته در دانشگاه راتگرز، می‌گوید: «این یک مشکل پنهان بوده است. » داروهای ضدافسردگی، بتابلاکرها و سایر داروها ممکن است بر میکروبیوم روده تأثیر بگذارند دو مطالعه اخیر با هدف شناسایی بهتر داروهایی که بر میکروبیوم روده تأثیر می‌گذارند و توضیح اثرات آن‌ها انجام شده‌اند. این نوع تحقیقات حیاتی است، زیرا یک میکروبیوم شکوفا برای سلامت انسان حیاتی است. دکتر بلاسِر خاطرنشان می‌کند که میکروب‌های روده نه تنها به هضم غذا کمک می‌کنند، بلکه عملکردهای حیاتی دیگری مانند آموزش سیستم ایمنی و تولید ویتامین‌ها را نیز انجام می‌دهند.