مشکل در تنفس یکی از ترسناک‌ترین علائم رفلاکس اسید و شکل مزمن این بیماری است که به آن بیماری ریفلاکس معده به مری (GERD) می‌گویند. GERD می تواند با مشکلات تنفسی مانند برونکواسپاسم و آسپیراسیون همراه باشد. این مشکلات گاهی اوقات می تواند منجر به عوارض تنفسی تهدید کننده زندگی شود. تنگی نفس که تنگی نفس نیز نامیده می‌شود، با GERD رخ می‌دهد، زیرا اسید معده که به مری می‌خزد، می‌تواند وارد ریه‌ها، به ویژه در هنگام خواب، و باعث تورم راه‌های هوایی شود.

این می تواند منجر به واکنش های آسم یا ایجاد پنومونی آسپیراسیون شود. چنین آسیب مجاری هوایی می تواند با ایجاد سرفه یا خس خس بر تنفس تأثیر بگذارد. GERD و آسم تنگی نفس می تواند تنها در GERD رخ دهد، اما اغلب همراه با آسم نیز رخ می دهد. این دو شرط اغلب به هم مرتبط هستند.