افزایش مصرف پروتئین در رژیم غذایی می‌تواند به صورت دوگانه بر سلامت روده و عملکرد دستگاه گوارش تأثیر بگذارد. در حالی که پروتئین می‌تواند فواید قابل توجهی برای تقویت باکتری‌های مفید روده، ترمیم سد دفاعی روده و کاهش التهاب داشته باشد، مصرف بیش از حد یا نوع نامناسب آن نیز می‌تواند منجر به عوارض جانبی ناخواسته‌ای مانند تولید متابولیت‌های مضر و بروز مشکلات گوارشی گردد. نحوه تأثیرگذاری پروتئین بر فرد، به عوامل متعددی از جمله منبع پروتئین، روش پردازش آن و میزان پروتئین مصرفی بستگی دارد. به طور کلی، پروتئین می‌تواند به روش‌های مختلفی بر سلامت روده و هضم غذا اثر بگذارد؛ در عین حال که سلامت روده را ارتقا می‌دهد، می‌تواند عوارض نامطلوبی مانند گاز و نفخ نیز ایجاد کند¹،².

اثرات مثبت پروتئین بر دستگاه گوارش مصرف پروتئین می‌تواند از جهات مختلفی به نفع سلامت روده باشد و به بهبود عملکرد و تعادل میکروبیوم کمک کند. این فواید شامل تقویت باکتری‌های مفید و حمایت از ساختار داخلی روده است. تقویت باکتری‌های مفید روده روده انسان مجموعه‌ای از میکروارگانیسم‌ها، مانند باکتری‌ها، را در خود جای داده که مجموعاً به عنوان میکروبیوم شناخته می‌شوند. شواهد علمی حاکی از آن است که مصرف پروتئین، به ویژه از منابع گیاهی، ممکن است باعث افزایش باکتری‌های سودمند تولیدکننده بوتیرات در روده شود³,⁴.