اگرچه ممکن است خوشایندترین چیز نباشد، اما بدن ما جوامعی از باکتری ها و سایر میکروارگانیسم ها را در داخل و روی پوست ما در خود جای داده است. این میکروارگانیسم ها که به عنوان میکروب نیز شناخته می شوند، نقش مهمی در بسیاری از عملکردهای بدن دارند. میکروبیوم از باکتری ها، قارچ ها، انگل ها و ویروس ها تشکیل شده است، اگرچه باکتری ها بیشترین مطالعه را دارند. دانشمندان تخمین می زنند که 100 تریلیون میکروب در بدن انسان زندگی می کنند که اکثر آنها در میکروبیوم روده ما هستند.

 تحقیقات نشان می دهد که ممکن است بیش از 1000 گونه باکتری در میکروبیوم روده انسان وجود داشته باشد. میکروبیوم روده نقش مهمی در هضم و حفظ سلامت سیستم ایمنی دارد. میکروبیوم از میکروب های مفید و بالقوه مضر تشکیل شده است.  هر دو نوع میکروب می توانند به طور مسالمت آمیز همزیستی کنند، اما عوامل مختلفی می توانند این تعادل را بر هم بزنند، از جمله عفونت ها، تغییر در رژیم غذایی و استفاده از آنتی بیوتیک ها.