متیل‌کوبالامین و سیانوکوبالامین دو شکل رایج ویتامین B12 هستند که بیشتر در مکمل‌های تغذیه‌ای استفاده می‌شوند، اما تفاوت‌هایی در ساختار شیمیایی و منبع تولید آن‌ها وجود دارد. این تفاوت‌ها می‌تواند بر جذب، اثربخشی و حتی نوع استفاده آن‌ها در شرایط مختلف تأثیر بگذارد، بنابراین آگاهی از ساختار آن‌ها برای انتخاب آگاهانه ضروری است. متیل‌کوبالامین شکل طبیعی ویتامین B12 است، در حالی که سیانوکوبالامین یک شکل مصنوعی محسوب می‌شود. هر دو دارای یک یون مرکزی کبالت و حلقه کورین هستند، اما متیل‌کوبالامین دارای گروه متیل (یک اتم کربن و سه هیدروژن) و سیانوکوبالامین دارای مولکول سیانید است.

12 این تفاوت ساختاری بر روش پردازش آن‌ها در بدن و پایداری‌شان در شرایط محیطی مختلف اثر می‌گذارد. با اینکه تصور رایجی وجود دارد که سیانید موجود در سیانوکوبالامین ممکن است خطرناک باشد، اما واقعیت این است که مقدار آن بسیار ناچیز است و به‌راحتی توسط بدن دفع می‌شود، بنابراین جای نگرانی نیست. 3 بررسی علمی این موضوع نشان می‌دهد که بدن انسان توانایی کافی برای سم‌زدایی از این مقدار سیانید را دارد و هیچ شواهدی از آسیب ناشی از مصرف مکمل‌های حاوی آن ثبت نشده است. هر دو نوع B12 در مکمل‌ها موجود هستند، اما سیانوکوبالامین به دلیل هزینه کمتر و پایداری بالاتر در برابر گرما، بیشتر در محصولات تجاری استفاده می‌شود.