رژیم کتوژنیک عوارضی دارد که می‌توان آن‌ها را به دو دسته تقسیم کرد. عوارض موقت رژیم کتوژنیک یا نشانه‌های ورود به کتوز برخی از عوارض رژیم کتوژنیک صرفاً نشانه‌های موقتی ورود بدن به فاز کتوز هستند. از جمله نشانه‌های ورود به کتوز می‌توان به کاهش وزن اولیه، تکرر ادرار، آنفولانزای کتوژنیک، گرفتگی عضلات، کاهش اشتها، افزایش سطح انرژی و تمرکز ذهنی، و بوی بد دهان اشاره کرد. این موارد در صورت داشتن یک رژیم غذایی اصولی و مصرف مکمل‌های ضروری، به‌ویژه الکترولیت‌ها، اغلب بسیار محدود خواهند بود.

البته کاهش اشتها و بوی دهان را می‌توان در گروه عوارض طولانی‌مدت رژیم کتوژنیک نیز قرار داد. عوارض طولانی‌مدت رژیم کتوژنیک در مقابل عوارض موقت رژیم کتوژنیک، این رژیم می‌تواند عوارض بلندمدتی نیز داشته باشد که در ادامه به بررسی آن‌ها می‌پردازیم. البته ذکر این نکته حائز اهمیت است که با اجرای یک رژیم کتوژنیک اصولی و تحت نظر متخصص، از آنجا که همه مواد غذایی محاسبه شده‌اند و مکمل‌های مورد نیاز تجویز شده‌اند، این عوارض نیز به حداقل می‌رسند. شاید به‌جز کاهش وزن و کاهش اشتها که هدف اصلی رژیم کتوژنیک هستند، تنها بوی بد دهان از علائم ذکر شده بالا باقی بماند که این مورد نیز به‌سادگی با مصرف آدامس‌های بدون قند قابل کنترل است.