نوشیدن شیر به‌صورت منظم می‌تواند فواید قابل‌توجهی برای سلامت استخوان‌ها داشته باشد، از جمله کاهش خطر ابتلا به پوکی استخوان و افزایش تراکم مواد معدنی استخوان. شیر منبعی غنی از مواد مغذی ضروری مانند کلسیم، پروتئین و ویتامین D است که در تمامی مراحل زندگی، به‌ویژه در دوره‌های رشد و سالمندی، نقشی کلیدی در حفظ استحکام استخوان‌ها ایفا می‌کنند. مزایای شیر برای استخوان‌ها جلوگیری از تحلیل رفتن استخوان‌ها حدود ۶۰٪ تا ۸۰٪ از بیشینه‌ توده استخوانی افراد توسط ژنتیک تعیین می‌شود، اما عوامل محیطی از جمله رژیم غذایی می‌توانند ظرفیت ژنتیکی رشد اسکلتی را تعدیل کنند. این بدان معناست که تغذیه مناسب در دوران رشد نقش تعیین‌کننده‌ای در جلوگیری از تحلیل استخوان‌ها در سنین بالاتر دارد، زیرا رسیدن به حداکثر توده استخوانی در جوانی، سپری دفاعی برای سال‌های بعدی عمر محسوب می‌شود.

² نوشیدن شیر برای تمام گروه‌های سنی مفید است، اما به‌ویژه در دوران کودکی اهمیت بیشتری دارد. تحقیقات متعددی نشان داده‌اند که مصرف شیر به‌عنوان منبع مکمل لبنی، باعث افزایش محتوای معدنی و تراکم استخوانی در کودکان ۳ تا ۱۸ ساله می‌شود و در برخی موارد، این مقدار کلسیم دریافتی از ۱۵۰ تا ۱۷۲۳ میلی‌گرم در روز گزارش شده است. ⁵ بهبود تراکم مواد معدنی استخوان کل بدن مطالعات نشان می‌دهند که مکمل‌سازی رژیم غذایی با لبنیات منجر به افزایش تراکم مواد معدنی در نواحی مختلفی از بدن از جمله مفصل ران، گردن استخوان ران و ستون فقرات کمری می‌شود. این افزایش تراکم استخوانی به‌ویژه در افرادی که سطح پایه کلسیم دریافتی آنها کمتر از ۷۰۰ میلی‌گرم در روز بوده، به‌صورت معناداری بیشتر بوده است.