سندرم پاتر ظاهر فیزیکی معمولی ناشی از فشار داخل رحمی ناشی از الیگوهیدرآمنیوس، به طور کلاسیک به دلیل آژنزی کلیوی دو طرفه (BRA) را توصیف می کند، اما می تواند با شرایط دیگر، از جمله بیماری کلیه پلی کیستیک نوزادی، هیپوپلازی کلیه و اوروپاتی انسدادی رخ دهد. برخی بر این باورند که توالی پاتر اصطلاحات مناسب تری است، زیرا همه افراد مبتلا به این سندرم مجموعه علائم و نشانه‌های دقیقاً یکسانی ندارند، بلکه زنجیره‌ای از رویدادهای مشترک دارند که به دلایل مختلف منجر به یک نقطه پایانی کاهش یا عدم وجود آمنیوتیک می‌شود. کلیه ها بین هفته های 5 تا 7 بارداری جنین با تولید مداوم ادرار از حدود هفته 14 رشد می کنند. مایع آمنیوتیک یک محصول پویا است.

ادرار جنین عامل اصلی تولید از سه ماهه دوم است. بلع جنین باعث بازیافت مایع آمنیوتیک می شود. هر بیماری که تولید ادرار را مختل کند باعث الیگوهیدرآمنیوس می شود، در حالی که بیماری هایی که باعث اختلال در بلع جنین می شوند، مانند آترزی مری و آنسفالی، باعث پلی هیدرآمنیوس می شوند. سندرم پاتر همچنین ممکن است ناشی از علل مادری الیگوهیدرآمنیوس باشد که سیستم ادراری تناسلی را درگیر نمی کند، مانند پارگی طولانی مدت غشاء.