برای تهیه آب آشامیدنی در ایران، سه روش معمول عبارت‌اند از جوشاندن آب شهری، استفاده از آب معدنی بسته‌بندی و آب تصفیه‌شده خانگی. در ادامه هر یک از این روش‌ها از نظر ایمنی میکروبی و میزان آلاینده‌ها (نیترات، فلزات سنگین و سایر ترکیبات) بررسی شده و در یک جدول مقایسه‌ای ارائه می‌گردد. ایمنی میکروبی آب جوشیده‌شده: جوشاندن آب (حداقل ۳–۱۰ دقیقه) کارایی بالایی در کشتن عوامل بیماری‌زا دارد. طبق دستورالعمل‌های وزارت بهداشت، جوشاندن آب ۳ تا ۱۰ دقیقه اکثر باکتری‌ها و ویروس‌ها (به‌جز اسپورها) را از بین می‌برد و با ۲۰ دقیقه جوشاندن، کلیه موجودات زنده در آب از بین می‌روند.

بنابراین در مناطقی که کیفیت آب لوله‌کشی مورد تأیید بهداشتی نیست، جوشاندن روش مناسبی برای ضدعفونی خانگی است. آب معدنی بسته‌بندی: این آب‌ها مجوز وزارت بهداشت را دارند و از نظر میکروبی معمولاً استاندارد تلقی می‌شوند، اما یک مطالعه در ایران نشان داد که در همه نمونه‌های آب معدنی مورد آزمایش شمارش باکتری‌های هتروتروف (HPC) از حد استاندارد بالاتر بوده و حدود ۱۲٪ نمونه‌ها دارای باکتری کل‌فرم بوده‌اند (هرچند کل‌فرم گرماپای در هیچ نمونه‌ای گزارش نشد). به‌عبارت دیگر، در برخی برندها ممکن است آلودگی خفیفی وجود داشته باشد. آب تصفیه‌شده خانگی: سیستم‌های تصفیه خانگی (به‌ویژه دستگاه‌های اسمز معکوس و یونیزه) اگر به‌درستی نصب و فیلترهایشان مرتب تعویض شود، قادر به حذف میکروب‌ها و آلودگی‌های شیمیایی هستند.