شواهد علمی فزاینده‌ای وجود دارد که اهمیت میکروبیوتای روده را برای سلامت کلی، از جمله عملکرد ایمنی و دستگاه گوارش، نشان می‌دهد. از آنجایی که داروهای ضدافسردگی به صورت خوراکی مصرف می‌شوند، این احتمال وجود دارد که برخی از ترکیبات فعال آن‌ها به روده بزرگ، جایی که بخش عمده‌ای از میکروب‌ها در آن زندگی می‌کنند، راه یابند. این موضوع اهمیت بررسی تأثیر این داروها بر این اکوسیستم میکروبی را دوچندان می‌کند. علاقه به چگونگی تأثیر داروهای ضدافسردگی بر میکروبیوم روده، یعنی تریلیون‌ها میکروارگانیسمی که در روده ساکن هستند، اخیراً افزایش یافته است.

دانشمندان امروزه می‌دانند که ارتباطات موجود میان مغز و میکروبیوتای روده (محور روده-میکروبیوم-مغز) می‌تواند بر سلامت روان تأثیر بگذارد، که این امر احتمال تأثیرگذاری ترکیب جامعه میکروبی روده بر میزان کارایی داروهای ضدافسردگی را مطرح می‌کند. ۱. تأثیر داروهای SSRI بر میکروبیوم روده: شواهد متناقض پاسخ به این سؤال که چگونه داروهای مهارکننده انتخابی بازجذب سروتونین (SSRIs)، که شایع‌ترین داروهای ضدافسردگی تجویزی هستند، بر میکروبیوم روده تأثیر می‌گذارند، پیچیده است. تحقیقات موجود نشان داده است که افراد مبتلا به اختلال افسردگی اساسی دارای ترکیب میکروبیومی متفاوتی نسبت به افراد سالم هستند؛ این موضوع بدان معناست که صرفاً تجزیه و تحلیل میکروبیوم افرادی که SSRI مصرف می‌کنند، نمی‌تواند تصویر کاملی ارائه دهد، زیرا باکتری‌های روده آن‌ها احتمالاً قبل از مصرف دارو نیز متفاوت بوده‌اند.