اگرچه قرص‌های ضدبارداری در اغلب موارد ایمن و مؤثر هستند، اما ممکن است با عوارضی همراه باشند که فراتر از نگرانی‌های کوتاه‌مدت مانند افزایش وزن یا خونریزی بین دوره‌ای هستند. نوع روش جلوگیری انتخابی شما می‌تواند در میزان بروز این خطرات نقش مهمی داشته باشد. تحقیقات علمی نشان می‌دهد که برخی عوارض جدی، هرچند نادر، در شرایط خاص می‌توانند بروز کنند و آگاهی از آن‌ها برای انتخاب آگاهانه ضروری است. ۱.

لخته‌های خونی افرادی که از قرص‌های ضدبارداری ترکیبی حاوی استروژن استفاده می‌کنند، ممکن است در معرض خطر بالاتری برای تشکیل لخته‌های خونی قرار گیرند. این عارضه نسبتاً نادر است، اما در افرادی که بیش از ۴۰ سال سن دارند، سیگار می‌کشند، دچار اضافه وزن شدید هستند یا سابقه خانوادگی لخته دارند، احتمال وقوع بیشتر است. قرص‌هایی که حاوی دوزهای بالاتر استروژن هستند، خطر را افزایش می‌دهند، در حالی که قرص‌های پروژستین-فقط معمولاً چنین اثری ندارند. نوع پروژستین لوونورژسترل که در بسیاری از قرص‌های ترکیبی استفاده می‌شود، کمترین خطر را ایجاد می‌کند.